Les cylons ont été créés par l'homme. Ils ont évolué. Ils se sont rebellés.
Quarante ans après la première guerre contre les cylons, ces créatures sont revenues et ont laissé les Douze Colonies à feu et à sang, réduisant tout ou presque en cendres. Rameutant une flotte dépareillée de vaisseaux civils, le Battlestar Galactica, vieux vaisseau de combat, parvint à échapper au feu ennemi. Lui et sa suite se mirent à la recherche du refuge légendaire, ce pays dit-on des origines : la Terre.
Après des mois de poursuites acharnées de la part des forces cylones, le Battlestar Galactica et la flotte coloniale sous sa protection ont enfin pu unir leurs forces au Battlestar Pegasus, autre survivant de l'attaque cylone. Ensemble, ils purent faire face aux cylons et détruisirent le vaisseau ennemi de la résurrection.
Furieux de la perte du vaisseau de la résurrection, les cylons lancèrent sans plus attendre une contre-attaque massive sur la flotte coloniale. Surpris, les humains tentèrent d'effectuer un saut dans l'univers et le temps, cela semblait être leur seul espoir... Mais tout ne se passa pas comme prévu. Les moteurs PRL des deux flottes furent surchargés par une impulsion énergétique puissante... les flottes ennemies se retrouvèrent ainsi propulsées au loin, bien au-delà de la trajectoire prévue.
Battlestar Galactica Online met en scène les deux flottes échouées dans une région inexplorée de l'univers, à la bordure de l'un des bras galactiques. Endommagée, les ressources au plus bas, chaque flotte se lance dans une course éperdue contre le temps. Elles devront lutter l'une contre l'autre pour se réarmer et pour asseoir leur contrôle sur les systèmes riches en tylium, en métaux et en eau. La flotte coloniale n'abandonne pas son espoir de rejoindre la Terre, elle cherche désespérément un moyen de s'échapper de cette région inhospitalière avant que les cylons ne soient redevenus puissants et en mesure de mettre un terme à l'existence de leurs créateurs.
